Кафедраның тарихы 2004 жылы жалпы білім беретін «Информатика» кафедрасының құрылуынан басталады.
Ғылыми кеңестің 2013 жылғы 29 тамыздағы шешімімен кафедра «Ақпараттық жүйелер және есептеуіш техника» кафедрасы болып қайта құрылды. 2013-2017 оқу жылы аралығында кафедра меңгерушісі техника ғылымдарының кандидаты Құрманғазиева Л.Т. болды. Кафедраның негізгі миссиясы инженерияда ақпараттық жүйелер мен компьютерлік технологиялар салаларында мамандарды даярлау болды. Кафедрада келесі мамандықтар бойынша студенттер дайындады: 5В070300-Ақпараттық жүйелер, мамандандыру бағыты - Ақпараттық жүйелер және инженерлік қызмет. 5В070400-Есептеу техникасы және бағдарламалық қамтамасыз ету, мамандандыру бағыты – Есептеуіш техника және бағдарламалық қамтамасыз ету жүйелері болды.
23.06.2017 жылы кафедра атауы Бағдарламалық инженерия кафедрасы болып өзгертілді. Кафедра меңгерушісі болып тех.ғ.к., қауым.профессор. Ж.Д.Ғаббасова тағайындалған және оған 5В060200-Информатика бакалавры, 6М060200-Информатика магистратура мамандықтары қосылды.
2020 жылдың қыркүйегінен 2022 жылға дейін бағдарламалық қамтамасыз ету кафедрасының меңгерушісі т.ғ.к. Л.Т. Құрманғазиева және осы жылдың ақпан айынан бастап кафедра меңгерушісі қызметін магистр, аға оқытушы Байтемирова Н.Б. тағайындалған болатын.
2019-2020 оқу жылынан бастап білім бағдарламалары бойынша оқуға қабылдау үдерісі енгізіліп, 6В001101 – Дизайндағы қолданбалы информатика, 6В001102 – Бизнес аналитика және IT жобаларды басқару, 6В001103 – Жүелер мен желілерді әкімшіліктеу мен 7М06101 - Бизнес информатика (2ж), 7М06111 - Бизнес-информатика (1ж), 7М06102 - IT-менеджмент (1ж), 7М06103 - Кибербезопасность(2ж), 7М06113 - Кибербезопасность (1ж), 7М01104 - Дизайндағы қолданбалы информатика(2ж), 7М06114 - Дизайндағы қолданбалы информатика (1ж) студенттер мен магистранттар қабылданды.
Сонымен қатар студенттер мен магистранттар ғылыми зерттеулерге қатысады, жыл сайын республикалық және халықаралық конкурстарда ең үздік жұмыстар конкурсы өткізіледі. Зерттеу нәтижелері ұлттық және халықаралық конфененциялар материалдарында жарияланады. Үздік студенттер халықаралық бағдарламалау жарыстарына (IT планета, 1С – бағдарламалау, веб-технологиялар және т.б.), университеттің әлеуметтік және спорттық өміріне белсенді қатысады. Атап айтсақ, 5В070400 – «Есептеу техникасы және бағдарламалық қамтамасыз ету» мамандығы студенті 3-і дәрежелі дипломмен Қ.Ашығалиев, 2019 жылы 4 курс 5В070400 – «Есептеу техникасы және бағдарламалық қамтамасыз ету» мамандығы студенті Орынбай Әлішер 3-і дәрежелі дипломмен марапатталған. Ғылыми жетекшісі: магистр Н.Б.Байтемирова.
«ЖОО үздік оқытушысы» атағына тех.ғ.к., қауымдастырылған профессор Махатова В.Е. (2020 ж), ф.-м.ғ.к., қауымдастырылған профессор Ележанова Ш.К. (2021 ж), тех.ғ.к., қауымдастырылған профессор Курмангазиева Л.Т., магистр, аға оқытушы Байтемирова Н.Б. (2021 ж) ие болды.